En su creación el Centro de Diagnostico de Enfermedades Congénitas era dependiente de AMVAC, pero el objetivo ha sido siempre dotarle de infraestructuras y sede social propios de manera que se convierta en un organismo independiente.
El funcionamiento del Centro de Diagnostico se basa en la creación de grupos de trabajo para cada una de las patologías motivo de estudio. A estos grupos, que son abiertos a nivel nacional, se pueden incorporar a todos aquellos veterinarios que tengan interés y de entre sus componentes se elegirá un Comité de tres-cinco miembros, cuya función será emitir los dictámenes en base a las pruebas diagnósticas remitidas.
Así mismo los miembros del comité son los responsables del grupo, coordinando la elaboración de protocolos que permitan una evaluación objetiva de la patología congénita de la que se ocupen, y teniendo como objetivo fundamental no sólo la realización de dictámenes sino la formación del resto de los miembros. De este modo cada Comisión no será sólo una entidad certificadora sino que se convierte en foro de aprendizaje y puesta en común de cada patología.
Está en funcionamiento el Comité de Lectura de Displasia de Cadera y Codo y el de Espondiloartrosis Deformante. Se realizan las lecturas para el Club del Bóxer, Club Español de Boyeros Suizos, Club de Terranova y para criadores de razas como Labrador, Husky, Doberman entre otras. Los grupos de trabajo no están formados únicamente por socios, sino que cualquier veterinario clínico de España puede pertenecer a él.